En fait, ton C ionien se joue sur un accord de C majeur et ton E phrygien se joue sur un Em.
Le mieux, c'est de faire un tableau pour se repérer. Ces 2 gammes sont bien les mêmes mais elles ne sont pas jouées sur les mêmes accords, d'où la différence de couleur.
Pour tester, joue ta gamme de Do majeur sur les accords C, Dm, Em, F, G, Am et Bdim. A chaque fois, ça sonne juste. C'est comme ça que sont définis les modes ionien, dorien, phrygien, lydien, mixolydien, aeolien et locrien.