J'ai rencontré le même problème que toi il y a de ça...quelques années !
J'ai également commencé avec ta méthode, qui est très bien faite, mais c'est comme tout, en autodidacte, il faut être très courageux !
La douleur aux doigts passera, avec le temps de les muscler et l'expérience. En tout cas, tu commences avec la gratte la plus dure pour le tirant des cordes, donc aïe les 'tits fingers.
Je ne comprends pas bien ton problème de passage d'arpèges à vide aux arpèges en accords. Le premier exercice à vide te permet de travailler la dextérité de la main droite, et l'exo en arpège ajoute le travail des accords. Vas-y le plus lentement possible ; le but du jeu : avoir un beau son !!
Au boulot !