J'y connais absolument rien en flûte traversière, mais il me semble que les trucs les plus importants à savoir ( et ce avec n'importe quel instrument ) c'est :
Avec laquelle es tu le plus à l'aise ?
Laquelle a le plus beau son selon toi ?
Si t'es pas sûr pour le son tu peux essayer de t'enregistrer ( si t'as le matériel qu'il faut ) ça te permettra peut être d'être un peu plus objectif
Mais bon, dans tous les cas heureusement qu'elles se ressemblent ça reste des flûtes traversières