Normalement Audacity ne pose pas ce genre de soucis.
Cela dépend de ta version, sur une ancienne on sélectionnait la source sur: "entrée micro", "entrée ligne", etc..., et sur "ce que vous entendez". Si tu es sur cette dernière c'est normal que tout soit réinjecté sur la piste d'enregistrement.
Sur une récente dans "Edition" > "Préférences" > "Enregistrement", tu devrais avoir la case "Doublage..." cochée pour entendre les pistes précédentes en enregistrant.
Regarde aussi dans les préférences "Périphériques" ce qui est écrit en lecture et enregistrement.
Sinon je pense que cela vient de la config de ta carte son (c'est quoi?).
S'il existe une fenêtre de contrôle de volume, il faut voir dedans. Parfois la source d'enregistrement ou l'entrée est indiquée et sélectionnable...